Kibice zapamiętają „El Pistolero” przede wszystkim z licznych zwycięstw, nieszablonowych akcji ofensywnych oraz pozbawionej kalkulacji jeździe. W zdominowanym przez taktykę i słuchawki peletonie realizował scenariusze, o których inni nie odważyli się marzyć. Niestety, był również bohaterem jednej z najdłuższych sag dopingowych.

Krótkie, zakończone oczyszczeniem z zarzutów zamieszanie w „Operację Puerto” na dłuższą metę nie pokrzyżowało planów Hiszpana. Latem 2010 roku znajdował się u szczytu kariery. Miał w dorobku dwa triumfy w Tour de France oraz po jednym w Giro d’Italia i Vuelta a Espana. Od trzech lat, czterech startów, pozostawał niepokonany w Wielkich Tourach.

Podczas podjazdu pod Port de Bales, w trakcie piętnastego etapu Wielkiej Pętli, Contador niegodnie wykorzystał problemy z łańcuchem ówczesnego lidera wyścigu – Andy’ego Schlecka, przejmując tego dnia maillot jaune. Zachowanie to pozostało skazą na wizerunku „El Pistolero”, ale szybko okazało się, że nie jedyną.

30 września rzecznik prasowy Contadora informuje, że w pobranej od hiszpańskiego kolarza 21 lipca, a więc w dniu przerwy, próbce wykryto ślady clenbuterolu, o czym sam zainteresowany dowiedział się już 24 sierpnia. „El Pistolero”, jak doskonale pamiętamy, winą za znalezienie się w jego organizmie zakazanego środka obarczył zjedzenie skażonej wołowiny. Tego samego dnia zostaje zawieszony przez UCI.

Wyjaśnienia Contadora poddaje w wątpliwość fakt, że przypadki wykrycia clenbuterolu w hiszpańskim mięsie należą do rzadkości. Podobnego zdania jest dyrektor generalny WADA, David Howman, uznający wersję kolarza rodem z Pinto za skrajnie niemożliwą. Niektórzy, między innymi „L’Equipe”, „New York Times” i belgijski tygodnik „Humo”, sugerują, że za taki wynik badania odpowiada przeprowadzona transfuzja krwi, co pozostaje jednak w sferze medialnych dywagacji.

Jestem tak zniechęcony tym wszystkim, co się wokół mnie dzieje, że bez względu na decyzję UCI, zakończę karierę

– mówi w połowie października w wywiadzie dla dziennika „El Mundo” Contador, co jest raczej wyrazem frustracji niż realnym planem.

Na początku listopada UCI żąda od hiszpańskiej federacji wszczęcia postępowania dyscyplinarnego przeciwko „El Pistolero”. Niemal natychmiast pojawiają się opinie, że z uwagi na ilość dokumentów, werdykt może nie zapaść w ciągu trzech miesięcy.

Od kiedy informacja jakobym używał substancji dopingujących pojawiła się w mediach, moje imię jest ciągle szkalowane. Moja rodzina jest nękana w nocy jakimiś telefonami. Po co to komu? Jeśli już ktoś chce się wyżyć, to jestem do dyspozycji, ale zostawcie moją rodzinę w spokoju. Po raz kolejny podkreślam: nigdy nie używałem dopingu

– wyznaje Contador w telewizyjny show Teledeporte, krytykując przy okazji Astanę, która nie udzieliła mu wsparcia.

W ostatnich dniach stycznia 2011 roku Hiszpański Związek Kolarski nakłada na „El Pistolero” roczny zakaz startów. Ten na konferencji prasowej mówi:

Myślę, że jestem przykładem czystości. Wierzyłem w system kontroli, teraz przestałem. Jedyny błąd jaki zrobiłem, to zjedzenie mięsa, które zawierało clenbuterol. Przeszedłem około pięciuset kontroli w moim życiu, które przeprowadzane były w domu, podczas urodzin, czasem wyciągano mnie z kina… i godziłem się na to, bo zawsze ufałem systemowi kontroli, ale już nie wierzę w to. System jest przestarzały i się nie sprawdza.

Zapowiada także odwołanie, nazywając karę „nieuczciwą”. Oświadcza również, że wbrew wcześniejszym wypowiedziom, nie zakończy kariery. Wspiera go nawet premier Hiszpanii, José Luis Rodríguez Zapatero, pisząc na Twitterze, iż nie ma powodu do ukarania Contadora.

Nie mija miesiąc, a „El Pistolero” zostaje uniewinniony i wraca do ścigania w barwach zespołu Saxo Bank-SunGard. Prezydent UCI, Pat McQuaid, odgraża się, że to jeszcze nie koniec sprawy – odwołuje się do Trybunału Arbitrażowego ds. Sportu.

W tak zwanym międzyczasie Contador dzieli i rządzi podczas Giro d’Italia. Zostaje natomiast wygwizdany w trakcie prezentacji zespołów Tour de France, a rywalizacja ewidentnie nie układa się po jego myśli, co skutkuje „dopiero” piątym miejscem w klasyfikacji generalnej.

Niemal w nieskończoność przeciąga się postępowanie przed CAS. Przesłuchania rozpoczynają się dopiero w drugiej połowie listopada. Flavio Becca, właściciel zespołu RadioShack-Nissan, podważa obiektywność Trybunału, bowiem Saxo Bank do sezonu przygotowywał się w Izraelu, skąd pochodzi jeden z sędziów – Efraim Barak.

6 lutego 2012 roku Trybunał Arbitrażowy ds. Sportu uznaje Alberto Contadora winnym stosowania dopingu, anuluje wszystkie jego wyniki od lipca 2010 roku oraz dyskwalifikuje na dwadzieścia cztery miesiące. Do ścigania „El Pistolero” powróci na początku sierpnia.

Nazajutrz, podczas konferencji prasowej Contador stwierdza:

Nie przestanę się ścigać i będę to robił tak, jak robiłem zawsze do tej pory: czysto, bez środków dopingujących, walcząc o zwycięstwa. Bardzo dziękuję mojej drużynie za wsparcie. To dla mnie bardzo ważne. Odczuwam je nawet mimo wczorajszego niekorzystnego wyroku. Zarówno ze strony zespołu, jak i sponsorów.

Ostatecznie „El Pistolero” nie odwołuje się od werdyktu, gdyż jak twierdzi, nie chce mieć z Trybunałem już nic wspólnego. Andy Schleck z kolei zostaje uznany zwycięzcą Wielkiej Pętli z 2010 roku.

Po powrocie do rywalizacji, Hiszpan, po pamiętnym etapie do Fuente De, wygrał Vueltę. Nadal reprezentował wysoki poziom, lecz nie stanął już więcej na podium Tour de France. W sezonie 2014 osiągnął, jak sam wielokrotnie wspominał, życiową formę, ale walkę z Vincenzo Nibalim uniemożliwiła mu kraksa.

Po niedawnym zakończeniu kariery Contador odebranie mu zwycięstw określił mianem niesprawiedliwości.